[ad_1]

هنگامی که ویروس کرونا ویروس جدید اقدامات کشنده خود را کمی بیش از یک سال پیش آغاز کرد ، استفاده از تعیین توالی ژنتیکی به عنوان ابزاری برای ردیابی شیوع بیماری های عفونی در مراحل ابتدایی بود.

چقدر سریع یک دانش جوان به یک بیماری همه گیر تبدیل می شود.

در این ماه ، تمرین مشاهده ژنومیک روی سن شروع می شود. دولت بایدن یک فشار بی سابقه را برای دنباله ای از ده ها هزار نمونه ویروس کرونا از افراد تازه آلوده در هر ایالت و سرزمین در ایالات متحده آغاز کرده است و در حال ساخت برنامه ای برای استخراج این داده ها است تا بفهمد از همه گیر از کجا ناشی می شود.

عنصر اصلی پروژه – برنامه ملی جدید نظارت بر SARS-CoV-2 یا NS3 – وظیفه دارد به موقع انواع جدید ویروس را کشف کند تا از پاسخ های م effectiveثر اطمینان حاصل کند.

اما این تازه شروع کار است. مشاهدات ژنومی با اجازه دادن به دانشمندان برای دیدن الگوی رشد همه گیری ، می تواند به مقامات پیش بینی کند که چه زمان شیوع جدیدی باعث استرس در بیمارستان می شود ، جایی که دیسک های واکسیناسیون می توانند نقاط داغ را خنک کنند و آیا افزایش فشارهای اضطرابی باید موارد بیشتری را تعیین کند.

در صورت انجام طبق برنامه ، ابتکار عمل می تواند از تکنیکی استفاده کند که تاکنون برای ترمیم شیوع پس از واقعیت استفاده شده و از آن برای دیدن گوشه بعدی بیماری همه گیر استفاده شده است.

محققان گفتند که این توانایی است که ممکن است خیلی زود به دست نیاید.

کریستین آندرسن ، که برنامه ای در مورد ژنومیک بیماری های عفونی را در موسسه تحقیقات اسکریپس در لاجولا اجرا می کند ، گفت: ایالات متحده باید “به سرعت و به صورت گسترده” ظرفیت نظارت ژنومی خود را گسترش دهد. “هرچه سریعتر ، بهتر”.

مطمئناً جای پیشرفت وجود دارد. به عنوان مثال ، در یک هفته در اوایل ژانویه ، فقط 251 نمونه ویروس در سراسر کشور توالی یابی شد. این رقم نشان دهنده کمی بیش از 0.01٪ از 1،972،530 عفونت جدید است که در این هفته تأیید شده است.

دکتر چارلز چیو ، متخصص علم ژنتیک در دانشگاه سانفرانسیسکو که آزمایشگاه او نقش مهمی در تشخیص خانگی داشت ، گفت: “ما با چشم بند کار می کنیم اگر نتوانیم ظهور و شیوع این انواع جدید SARS-CoV-2 را ردیابی کنیم” گزینه ای که در کالیفرنیا به سرعت در حال رشد است.

چیو افزود ، در صورت موفقیت در برنامه نظارت ، “ما نه تنها برای SARS-CoV-2 بلکه برای هرگونه تهدید عفونی در آینده آماده خواهیم شد.”

دکتر روچل پی. والنسکی ، مدیر جدید مراکز کنترل و پیشگیری از بیماری ها ، گفت: برای به دست آوردن این دید ، هفت دانشگاه و آزمایشگاه های خصوصی متعدد در سراسر کشور تلاش خود را افزایش داده و اکنون در حال تجزیه و تحلیل 3000 نمونه ویروس جدید در هفته هستند. وی گفت که هر ماه یا بیشتر دانشگاه های بیشتری آنلاین می شوند ، هدف CDC هماهنگی توالی ژنتیکی 7000 نمونه در هر هفته و انتشار بینش های به دست آمده از آنها در ایالات و مردم است.

علاوه بر این ، دولت بایدن 15 میلیون دلار برای کمک به خدمات بهداشتی محلی و ایالتی هزینه می کند تا ظرفیت خود را برای جمع آوری ، به اشتراک گذاری و تجزیه و تحلیل نمونه های ویروس و سپس ترکیب این داده ها با روش های سنتی اپیدمیولوژی ، افزایش دهند. بودجه ابتکار عمل گسترده تر از یک میلیارد دلار 19.1 میلیارد دلار برای اقدامات اضطراری بودجه جهت گسترش ظرفیت کشور برای آزمایش و ردیابی تماس ها تأمین می شود.

برنامه NS3 خواستار نمونه گیری هفتگی از 750 نمونه ویروس در آزمایش های آزمایشگاهی است که برای تعیین توانایی های جدید از جمله توانایی “فرار” از اثر داروها یا واکسن هایی که برای درمان یا محافظت در برابر COVID-19 استفاده می شوند ، طراحی شده است.

والنسکی گفت: “این شروع خوبی است.”

برای بیش از یک دهه ، CDC و آژانس های دولتی از توالی ژنومی برای بررسی عفونت های بیمارستانی ، نظارت بر شیوع ناشی از غذای آلوده و ردیابی سویه های آنفلوانزا ، اچ آی وی و سل استفاده کرده اند. اما آنها برای اندازه و سرعت همه گیر COVID-19 آماده نبودند.

با شیوع این بیماری ، خدمات بهداشت عمومی دولتی و محلی تا حدود زیادی امید به ردیابی شیوع ویروس را با ردیابی تماس ها از دست داده اند. با وجود بسیاری از افراد آلوده ، بدون علامت و آزمایشات خال خالی ، زمان – یا ارزش – محدودی از تایر وجود دارد که از افراد می خواهد کجا سفر کرده و با چه کسانی در تماس بوده اند تا درخت عفونت های پی در پی را ترسیم کند.

نظارت ژنومیک یک گزینه پیشرفته با فناوری بالا برای نقشه برداری از ویروس ارائه می دهد.

برای دانستن چگونگی این امر به شما کمک می کند تا بدانید که 30000 نوکلئوتید سازنده ژنوم SARS-CoV-2 با انتقال ویروس از شخصی به فرد دیگر با سرعت قابل پیش بینی جهش می کنند. اگر نمونه ویروس را از چندین نفر ترتیب سنجی کرده اید که همه آنها توسط یک فرد آلوده شده اند ، می توانید دنباله طولانی حروف را به همراه نمونه های دیگر روی هر نمونه قرار دهید و ببینید که آنها از یک منبع مشترک آمده اند. اگر نمونه هایی را از افرادی که متعاقباً آلوده شده اند ترتیب داده اید ، پیشرفت تغییرات حروف مشاهده شده در این نمونه های بعدی به شما امکان می دهد که چه کسی چه کسی را آلوده کرده است.

شما به زودی درختی از عفونت ها خواهید داشت که نشان می دهد شاخه های جدید چه زمان و کجا ظاهر شده اند ، چه شدت رشد کرده و به کجا منجر می شوند.

اگر نتوانیم ظهور و گسترش این انواع جدید SARS-CoV-2 را ردیابی کنیم ، با چشم بند کار می کنیم.

دکتر چارلز چیو ، متخصص ژنتیک در دانشگاه سانفرانسیسکو

اگر شعبه جدید شروع به ارسال شاخه های جدید با سرعت تعجب آور کند ، این می تواند شواهدی از گسترش بیش از حد باشد – شاید یک مهمانی تعطیلات یا یک تجمع سیاسی. یا ممکن است شک داشته باشید که ساختار ژنتیکی ویروس مانند انگلیس تغییر کرده است تا ویروس را بیشتر مسری کند.

این عکس را بزرگتر کنید و می توانید بین عفونت های فردی مرز بگذارید. کاهش می یابد و شکل عمومی همه گیری آشکار می شود: الگوهای گسترش ، جمعیت با آسیب پذیری ویژه ، نقاط انحراف.

اما دستیابی به این سطح از وضوح به کار بسیار بیشتری نیاز دارد.

CDC از ابتدای شیوع همه گیر ، نمونه های ویروس کرونا را جمع آوری و تعیین توالی می کند. از اول ژانویه ، پایگاه داده عمومی مدیریت شده توسط موسسه ملی بهداشت شامل ژنوم های کامل 34873 نمونه بود تا دانشمندان بتوانند جلوی آن را بگیرند.

اما آنها تصویری واقعی از آنچه در کشور اتفاق می افتد ارائه ندادند. بیشتر مطالب توسط کشورهایی مانند واشنگتن ، کالیفرنیا ، نیویورک و تگزاس ارسال شده است که برنامه های توالی خود را اجرا کرده اند. و فقط تعداد کمی از کشورها توانایی آزمایش نمونه های ویروس کرونا را در آزمایشگاه ها دارند تا ببینند در برابر واکسن ها یا داروهای COVID-19 مقاوم هستند.

دستان دستکش دار یک سری ویال های نمونه را نزدیک به تجهیزات آزمایشگاهی نگه می دارد

یک دانشمند در آزمایشگاه ویروس شناسی بالینی استنفورد در حال پردازش نمونه هایی از بیماران مشکوک به ابتلا به COVID-19 است. دانشمندان در حال تجزیه و تحلیل نمونه هایی از این دست هستند تا به دنبال تغییرات ژنتیکی باشند که می تواند ویروس کرونا را خطرناک تر کند.

(نوح برگر / آسوشیتدپرس)

دانشگاه ها و مراکز پزشکی با آزمایشگاه های ژنتیکی با بودجه مناسب نیز با نمونه های اضافی مخلوط شدند. در اوایل سال 2021 ، آنها داده های توالی 52364 نمونه دیگر آمریکایی را با یک کنسرسیوم جهانی از محققان ژنتیک موسوم به GISAID به اشتراک گذاشتند.

حتی وقتی در کنار هم قرار می گرفتید ، بررسی این داده های توالی مانند تماشای یک قفل بود. جمعیت و مکانها از بین رفته بودند و افراد درگیر فقط یک نگاه گذرا داشتند. این امر امکان دستیابی به تصویری واقع بینانه از بیماری همه گیر را غیرممکن می کند ، چه رسد به شناسایی یا انتظار انواع جدید ژنتیکی.

از آنجا که سیستم گسترده ای از سازمان های تجاری ، دانشگاهی ، پزشکی و دولتی را گرد هم آورده است ، CDC باید اطمینان حاصل کند که شرکت کنندگان می توانند نمونه ها را به اشتراک بگذارند و یافته های خود را به سرعت و به زبان مشترک اعلام کنند.

موانع فراوان است. آزمایشگاه ها روش های مختلفی را در به اشتراک گذاری ، تجزیه و تحلیل و نگهداری نمونه ها دنبال می کنند. شیوه های حفظ حریم خصوصی متفاوت است. برخی از سرویس های بهداشت عمومی هنوز در حال چگونگی پیوند دادن داده های اپیدمیولوژیک – زمان و مکان ، نمونه گرفته شده ، وضعیت جمعیتی و پزشکی فردی هستند که آن را داده اند و میزان بیماری وی – را به یک توالی ژنتیکی مرتبط می دانند.

دکتر گرگوری ال آرمسترانگ ، رئیس برنامه تشخیص پیشرفته مولکولی ، CDC و هدایت سازمان آژانس ابتکار نظارت بر همه گیری

آرمسترانگ گفت: “اشتیاق زیادی وجود دارد” در مورد اینکه چگونه توالی ژنتیکی می تواند به تیزتر شدن تصویر بهداشت عمومی کمک کند. “اما ما برای انعطاف پذیری با داده های ژنومی به نیروی کار بیشتری نیاز داریم.”

دکتر مارک سوچارد ، استاد زیست ریاضیات و ژنتیک انسانی در UCLA ، گفت که هنگامی که این اطلاعات با داده های اپیدمیولوژیک ادغام می شود ، محققان و مقامات بهداشت عمومی قادر به “بازسازی تاریخچه بسیار غنی تری از نحوه ، مکان و زمان انتقال ویروس از طریق جوامع “و به طور موثر علیه آن عمل می کنند.

Chiu این اقدام را به Operation Warp Speed ​​، برنامه فدرال برای تسریع در تولید و توزیع واکسن های COVID-19 تشبیه می کند ، که سهم هرکس در این راه را داشته است.

چیو گفت: “همه از این استقبال می کنند.” “اما شیطان در جزئیات است.”



[ad_2]

منبع: play-news.ir